Il 22 giugno del 1851 Ardigò viene ordinato sacerdote, ma rimane legato al Seminario come prefetto (1850-54) e docente (1851-67). Nel 1854 si reca per pochi mesi a Vienna dove aveva ottenuto un posto di perfezionamento nell’istituto di teologia sublime di Sant’Agostino. Una grave crisi nervosa lo costringe tuttavia ad un rapido rientro a Mantova dove riprende l’insegnamento presso il Seminario frequentando nel frattempo amicizie e letture liberali, ma sotto la sorveglianza di Mons. Martini che lo guida su posizioni moderate.
Nel frattempo, con il 1856 inizia la sua attività di docente presso il Ginnasio - Liceo di Mantova. Qui, prima come supplente, poi come docente ordinario insegna religione, italiano, geografia e storia. Nel 1866 ottiene infine l’abilitazione a Padova per insegnare Filosofia. La passione per l’insegnamento soprattutto per la storia della filosofia, lo spinge a dedicarsi a quest’attività con tutte le sue forze, attirandosi tanto l’amore dei suoi scolari quanto le critiche da parte dei suoi superiori che non sempre condividevano i suoi metodi d’insegnamento. Per arrotondare il magro stipendio dal 1871 al 1881 accetta anche l’incarico di insegnamento di lingua tedesca presso l’Istituto Tecnico cittadino.
Immagine: Ardigò nel giorno dell'ordinazione a sacerdote, 1851, in G.F. Marini, Roberto Ardigò, Mantova 1921.