All’interno del Fondo dei Manoscritti sono conservate anche tre carte nautiche, in pergamena.
La più antica (ms. 1032) è di autore anonimo ma attribuibile a Salvat da Pilestrina, e fu realizzata nell’ultimo quarto del secolo XV.
Descrive il globo terracqueo conosciuto e le rotte marine che collegano i vari continenti: raffigura, in stile nautico catalano, parte dell'Europa occidentale, fino alla Danimarca, il Mar Mediterraneo, in posizione centrale, parte dell'Africa settentrionale e parte dell'Asia occidentale, fino al Mar Nero e alla Crimea con molte decorazioni in miniatura. La carta associa elementi geografici realistici - linee costiere, catene montuose, vedute urbane con chiese e torri, percorsi fluviali - a elementi iconografici e decorativi ancorati alla tradizione cartografica tolemaica e alla tradizione culturale medievale - villaggi esotici, animali fantastici, figure mitologiche e figure umane con tratti deformi e mostruosi.
L’atlante geografico e di navigazione eseguito da Angelo Freducci ad Ancona nel 1556 (ms. 646) è costituito da nove tavole in pergamena montate su cartone e assemblate in forma di libro snodato e apribile nei due sensi. La ricchezza delle informazioni tecniche, geografiche, toponomastiche attestano la ricezione delle progressive conoscenze cartografiche in continuo aggiornamento in relazione alle progressive scoperte ed esplorazioni geografiche. I territori rappresentati sono: Florida, Grandi e Piccole Antille, coste atlantiche dell’America Centrale e del Sud America; Costa Atlantica dell’Africa, Europa e Isole britanniche; Italia, Austria e costa nordafricana di Tunisi e Tripoli; Mar Nero e Mar Mediterraneo Orientale, valle dei fiumi Tigri ed Eufrate; Mar Caspio, Armenia e Persia; Arabia, Mar Rosso e Golfo Persico; Penisola indiana Sri Lanka e Golfo del Bengala.
La terza carta nautica, realizzata da John Daniell a Londra nel 1642 (ms. 136), è applicata su quattro tavole di legno, incardinate a soffietto. Raffigura l’intero bacino del Mare Mediterraneo da Gibilterra a Costantinopoli e buona parte del Mar Nero fino alla Crimea. Il profilo costiero è sviluppato con un buon livello di dettaglio e di proporzione geografica: sono segnati i toponimi dei principali porti, mentre le macroregioni costiere sono segnalate solo con la loro denominazione tradizionale. La carta nautica fa parte del nucleo dei manoscritti provenienti dal monastero benedettino di San Benedetto in Polirone, in seguito alla soppressione del monastero nel 1797.