Gli anni di insegnamento a Padova (1881-1909) lo vedono totalmente assorbito dall’insegnamento di Storia della Filosofia, Filosofia Morale, Lingua e Letteratura tedesca, Pedagogia e i suoi studi volti alla pubblicazione di un’opera articolata in più volumi titolata Opere Filosofiche. Collabora in quegli anni con numerose riviste accademiche: la “Rivista di filosofia scientifica” di Enrico Morselli, la “Rassegna Critica” di Andrea Angiulli e diversi periodici di pedagogia. Molto tempo egli lo spende leggendo ed informandosi. Segue da vicino il lavoro dei suoi discepoli e la loro carriera: legge attentamente i loro lavori, ne giudica con lucida severità la cultura, lo stile, il metodo e i risultati raggiunti. A Padova è amato e rispettato: diviene Preside della Facoltà di filosofia e lettere nel 1893, dal 1895 al 1897 e poi ancora nel 1900 per breve tempo. La sempre maggior stima che lo accompagna è confermata dalla sua nomina come membro in molte commissioni di concorsi universitari. Sono inoltre diversi gli onori cavallereschi e politici che gli vennero riconosciuti sebbene solo in tarda età: viene nominato cavaliere dell’ordine della Corona d’Italia nel 1869 e commendatore nel 1892, grande ufficiale nel 1901; ha il titolo di cavaliere dell’ordine dei Santi Maurizio e Lazzaro nel 1887, il titolo di ufficiale nel 1894, quello di commendatore nel 1908. Ottiene solo nel 1913 il titolo di Senatore. Ardigò non amava partecipare a congressi o convegni; non viaggiava per tenere conferenze.
Sino al 1888 continua a risiedere a Mantova. Nel 1888, con la sorella Olimpia e il Fratello Giulio, si trasferisce da Mantova definitivamente a Padova, città dalla quale difficilmente si muove, contribuendo anche per questo a creare intorno a lui l’immagine del pensatore operoso e solitario. Nel 1898 in occasione del suo settantesimo compleanno gli vengono tributate sentite celebrazioni soprattutto dalla ormai fitta schiera dei suoi alunni e discepoli.
Immagine: Ardigò nel suo settantesimo compleanno, nel 1898, in G. Marchesini, La vita e il pensiero di Roberto Ardigò, Milano 1907